Fue fundado en Puerto Montt por músicos de distintas localidades instalados en el sur y encabezados por el guitarrista y saxofonista Daniel Inti Aguilera, su director musical y principal compositor. En un primer momento su enfoque se orientó a una propuesta musical desde el folclor y sus inspiraciones, con instrumentos protagónicos como quena, zampoña, charango, cuatro y tiple. Con esa primera formación de sexteto Rukantü grabó el disco Al encuentro (2011).

Sin embargo, una siguiente evolución llevó a un éxodo de sus primeros integrantes y a la llegada de nuevos elementos para formar un quinteto variable, que incorporaron sonoridades más modernas a la fusión original, como el jazz, la música popular urbana o la música contemporánea,  través de instrumentos como el bajo eléctrico, la batería o la flauta traversa. De esta manera, con un enfoque más abierto que en sus inicios, grabó el disco Sereno (2016). El grupo ha permanecido preferentemente actuando en distintas localidades del sur, con base entre Puerto Montt y Puerto Varas, en una militancia explícita por la descentralización de la música chilena.